Trong triều đại của ông đã chấm dứt hơn 60 năm cơn khủng hoảng "Nhất Ý chủ nghĩa". Agatho cử một phái đoàn đến Constantinopolis để tham dự một công đồng do Hoàng Đế Constantine IV chủ trì, công đồng này lên án lạc thuyết Nhất Ý. Giáo hoàng Agathon trổ tài ngoại giao, làm nguôi lòng người. Đệ III công đồng Constantinôpôli (công đồng chung thứ 6) họp tháng 11/680 đến tháng 9/681. Công đồng quy tụ 165 giám mục phương Đông, 6 giám mục phương Tây. Công đồng lên án thuyết Đức Kitô "một ý chí, một hành động" của Sergius, công bố học thuyết hai bản tính, theo đức tin Công giáo và giải thể các bè rối dưới mọi hình thức.

Bình an được tái lập trong Giáo hội. Nhưng một biểu hiện khác lại xảy ra ngay trong công đồng: các Thượng Phụ bêu diếu cố Thượng Phụ Sergiô, tác giả chính của sự lầm lạc, nhưng đồng thời, các ông lại cũng bêu diếu luôn Đức Hônôriô I tội đồng lõa với Sergius.